Os efeitos colaterais mais comuns da escleroterapia são: sensação de queimação no local após a injeção (que tende a desaparecer em algumas horas), marcas das injeções (desaparecem em algumas semanas), hematomas e manchas escuras na pele. Dependendo do esclerosante utilizado, reações alérgicas podem ocorrer. Uma complicação incomum, mas que pode acontecer, principalmente quando realizada por profissional não habilitado, é a presença de tromboflebite e trombose venosa profunda.