Os efeitos colaterais mais comuns da escleroterapia são: sensação de queimação no local após a injeção (que tende a desaparecer em algumas horas), marcas das injeções (desaparecem em algumas semanas), hematomas, formação de coágulos sanguíneos nas veias tratadas, manchas escuras na pele (essas mais comuns que em outros métodos). Efeitos colaterais mais sérios são mais raros e incluem reações alérgicas, tromboflebite, úlceras de pele e até trombose venosa profunda.